就業規則の意見書が反対された場合について

就業規則の意見書が反対された場合において通達ではこのように記されています。

「就業規則に添付した意見書の内容が当該規則に全面的に反対するものであると、特定部分に関して反対するものであるとを問わず、又その反対事由の如何を問わず、その効力の発生についての他の要件を具備する限り、就業規則の効力には影響がない（昭24.3.28基発373）」

就業規則の意見書というのはあくまで意見を聴くことなので、合意や同意まで求めるもではありません。たとえ反対意見であったとしても、事業主はその意見に拘束されることはありません。またその反対意見によって就業規則の効果に影響を及ぼすものでもありません。
したがって、就業規則の意見書に

「第○条の休憩に関する規定には同意できません。」

と書かかれたとしてもその意見のために就業規則をもう一度見直さなければならないということにはなりません。ただし、労働基準法などの法令に違反する場合はその部分については無効となるため就業規則の修正が必要になります。