対象労働者の代わりにサインを書いたらどうなるの?

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助成金の申請の際に助成金の対象労働者(例えば特定求職者雇用開発助成金ならば母子家庭の方、60歳以上の方)のサインと印鑑を押す欄があります。

これはなぜ必要なのかというと実際に労働者が働いていることを証明するためのものであるのと実際にその労働者に賃金を払っていましたという確認を取るためのものです。

したがって架空の労働者ではないことを確認するためのものであるため本人直筆のサインでなければなりません。

では対象労働者以外の方がサインをした場合どうなるでしょうか?

これは有印私文書偽造罪という犯罪(刑法159条)になります。
参考条文(刑法)
 (私文書偽造等)
 第159条 行使の目的で、他人の印章若しくは署名を使用して権利、義務若しくは事実証明に関する文書若しくは図画を偽造し、又は偽造した他人の印章若しくは署名を使用して権利、義務若しくは事実証明に関する文書若しくは図画を偽造した者は、3月以上5年以下の懲役に処する。

2 他人が押印し又は署名した権利、義務又は事実証明に関する文書又は図画を変造した者も、前項と同様とする。

3 前2項に規定するもののほか、権利、義務又は事実証明に関する文書又は図画を偽造し、又は変造した者は、1年以下の懲役又は10万円以下の罰金に処する。

助成金の申請書類は公の機関(ハローワークに出すための書類)に提出書類であるため私文書になります。
 労働者に頼むのが面倒だからとか誰が書いたか分からないんだから書いても大丈夫とか安易な考えで対象労働者以外がサインすると大変なことになります。

絶対に代わりにサインをすることはしないようにしてください。